Rezultat etapa I

STUDIU PRIVIND OPTIMIZAREA METODELOR CE URMEAZA A FI UTILIZATE


Dintre cele 37 de genomuri cianobacteriene complet secventate, in 27 a fost identificata cel putin o gena hup, iar dintre cele 11 categorii functionale in care au fost clasificate genele hup, s-au remercat cu frecventa cea mai mare genele hupE (41 %) si hupF (13 %).

Un numar de 32 de genomuri cianobacteriene complet secventate contin gene de tip hox implicate in formarea hidrogenazei bidirectionale, dintre care 21 de genomuri prezinta o singura gena de tip hox, iar 10 genomuri contin toate genele implicate in sinteza enzimei.

Dintre cele 10 categorii functionale identificate in cazul genelor hox, gena ubiH, codificatoare a 2-octaprenil-6-metoxifenol 4-monoxigenazei a fost prezenta la majoritatea genomurilor investigate, avand o frecventa de 38% din totalul secventelor hox. Genele codificatoare a subunitatilor hidrogenazei bidirectionale au fost prezente in procente de aprox. 11 %.

Analizele filogenetice efectuate pe genele si proteinele Hox au produs rezultate similare in ce priveste topologia arborilor obtinuti. Astfel, secventele s-au grupat in 6 clustere corespunzatoare categoriilor functionale, indiferent de taxonul de provenineta.

Secventele izoformelor proteice D1' s-au grupat in functie de rolul functional al acestora, si nu de taxonul de provenienta.

Izolarea ADN genomic se va efectua fie prin utilizarea kit-urilor comerciale, fie cu ajutorul unei metode bazate pe folosirea fenolului, in functie de specificul fiecarei tulpini.

Pentru cuantificarea expresiei diferitelor gene cianobacteriene vom folosi tehnica qRT-PCR, iar ARN va fi izolat cu ajutorul unui protocol de lucru bazat pe Trizol.

Director de proiect,
Dr. Cosmin Sicora